第一个被解决的，就是以修道成仙为名到处瞎糊弄的李孜省。虽然他仍然想继续装神弄鬼地在后宫瞎混下去，但朱祐樘却丝毫不给他机会，让他立即走人。大概是多年苦心操劳从事丹药研制工作把身体累垮了，还没等到司法审判的那一天，李孜省就死在狱中。

而他手下的喽啰们也通通被赶出皇宫。朱祐樘还耐心地将宫中的外籍和尚、道士们一个个地遣送回国。他再也不愿看到这帮装神弄鬼、乌烟瘴气的跳梁小丑了。

李孜省解决了，朱祐樘开始着手处理他最为愤恨的一帮人——传奉官。这些传奉官都是靠逢迎巴结和行贿送礼而得到官位的，因此根基都不深厚，既是最该收拾的，也是容易收拾的，更是朱祐樘最想收拾的。

而要解决传奉官，首先要扳倒的就是他们的头目梁芳（万贵妃最信任的太监）。

梁芳被捕后，树倒猢狲散，两千多名传奉官被罢免。眼看着一场轰轰烈烈的整治运动展开，这下与梁芳勾结的色鬼和尚继晓慌了，他见势不妙，拔腿就跑，跑回了自己的老家江夏，还安安稳稳地过了一年太平日子。

可能是看到没人来抓捕他，继晓渐渐放松了警惕，以为风头过了，于是，又操起了老本行——招摇撞骗。为了显示自己曾经有多威风，他拿了一块黄绸布把右手包起来，见人就吹嘘，说这是当年先帝用过的。

但是，他没有想到，此时京城弹劾他的奏折几乎铺满地。

弘治元年（1488年）六月，朱祐樘下令捉拿继晓，判以死刑，家属充军。

由于继晓曾逃亡一年，刑部、大理寺等相关官员也被牵连，因渎职罪遭到惩处。在朱祐樘的整顿中，最紧张的就是万喜了。

作为万贵妃的弟弟，他仗势欺人、罪恶滔天。他也清楚，自己是死有余辜，况且万贵妃害死了朱祐樘的母亲，这份仇恨实在太深。

于是，万喜交代好后事，蹲在监狱里等死。但出乎意料的是，一段时间后，万喜被释放了，原来朱祐樘扣留了大臣们的上书，他希望一切到此结束。

经过一番清理，罢遣了禅师、真人等二百四十余人，佛子、国师等七百八十余人，革除了传奉官两千余人。

伴随这些整顿，成化朝诸如修楼盖庙、作法拜佛之类的事都被叫停；所占的民田发还于民，种种有恶行的采办官们也都被撤职。

此时的朝廷，再无牛鬼蛇神，因此朱祐樘决定放过万喜，即使对他有着刻骨仇恨。这就是朱祐樘的胸襟，他宽恕了伤害他的人，因为与复仇相比，他还有更重要的事要做，那就是国家的复兴与发展。

在朱祐樘的努力下，明朝又出现了一段时间的治世——弘治中兴。